Özyeğin Üniversitesiyle AYJET Onaylı Eğitim Organizasyonu arasında 2012-2013 akademik yılından itibaren pilotaj eğitiminde işbirliği yürütülmektedir. Pilotaj lisans programı, Modüler ATPL(A) eğitim programı olup, teorik eğitimler Özyeğin Üniversitesi Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi tarafından uygulanmaktadır. Programa öğrenciler ÖSYM tarafından merkezi sistemle yerleştirilir. 2nci sınıf ikinci yarıyıldan itibaren uçuş eğitimleri başlar ve 4ncü, 6ncı ve 8nci yarıyıllarda uçuş eğitimi AYJET tarafından verilir. Her yıl ortalama 50 öğrenci bu programa katılmaktadır. Bu işbirliği, Türkiye de bir uçuş okulu ile üniversite arasında uçuş eğitiminde ilk işbirliği uygulaması olmakla birlikte, bugüne kadar başarı ile yürütülmüştür. Şimdiye kadar, bu program üzerinden yetişen tüm pilotlar havayollarında uçmaya başlamıştır. Pilotaj eğitiminde bu işbirliği, doğru paydaşlar tarafından, doğru fikirler üzerine kurulmuş ve havacılık sektörüne iyi yetişmiş, nitelikli pilotlar kazandırmaktadır.